2008/05/18
へっぽこバイオ研究！第 113 ラボ☆ワトソンのDNA。4ヶ月で調べちゃった。
こんばんは。 いまだに見た瞬間思わず「素人」を「ソジン」と読んでしまう やまのですがみなさまいかがおすごしでしょうか。 今夜は、DNAの二重らせん構造を発見したワトソン博士の 全DNAを最新技術でたったの4ヶ月で調べた、というお話です。 ─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─ へっぽこバイオ研究！〜素敵な科学のエッセンス 第113ラボ 発行者 やまの あべば 2008.5.18 ─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─━─ ただいまの発行部数 11264部です 無料の英語メールセミナーです。 先着500名様まで。英語が話せるコツは “しゃべる練習” と “継続しやすい適切な学習プラン” http://www.1mgkk.com/m/401144/rc003994.html 少しだけ触れてみましょう↑ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ┏今夜の目次 ┣１ バイオのサムライ ┣２ ワトソンのDNA。4ヶ月で調べちゃった。 ┗３ 近況報告（ご祝儀袋） == == == == == == == == == == == == == == == == == == ┏ １ バイオのサムライ ┗━━━━━━━━━━━┛ まずは前回の質問。 「日本で、科学者と一般のヒトの間の距離って？」の結果は 遠いと思う。 (19票/86.4%) 近いと思う。 (3票/13.6%) でした。頂きましたコメントの紹介です。 （＞以下は筆者コメントです） ○遠いと答えた方 「周りにあんまり科学の道に進む知り合いがいないっていうのもあります。 知り合いに科学者がいたらそれはかなり嬉しいですけど（笑」 ＞大学院で知り合ったヒトは、ほぼ研究人になってますが、それ以前の 知り合いとなると確かに科学者は限られます。 「科学者に会ったことがありません。 」 「身近にいないから 」 ＞筆者も一般のヒトと研究室の人間という立場で話をしたことがありません。 メルマガで接点があるのでその点は恵まれていると思います。 「昔ながらのマッドサイエンティストが何か悪いことを企んでいる、 ような雰囲気、かな。身近に科学者がいないので、秘密結社みたいな 感じが否めないです。」 ＞「秘密結社」(笑) 研究内容はほぼ全部公開されてるのですが、 現状は、日本語しかできないヒトに、スペイン語で話しかけるようなものなので そう感じてしまうのも無理もないかもしれません。 ○近いと答えた方 「日本では立派な科学者でも一般庶民と変わらぬ生活レベルしかできない。」 ＞長時間労働の割に、給料は至って普通です。学生期間が長い分、生涯賃金は 少ないかもしれません。福祉関連の職業のヒトが少ないお給料なところを 使命感でなんとか仕事を続けているように、日本の科学者もお金以外の何か、と 言う点では似ています。給料は普通だけど、研究環境はいいのか？という点で 言うと留学帰りのヒトが「日本の研究環境は留学先の国よりもいい」なんて ことは滅多に言いません。 では今夜のアンケートです。 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ☆テレビで質のいい科学番組があったら？ １、ぜひ見たい。 ２、たぶん見ません。 http://vote1.fc2.com/poll.php?mode=browse&uid=666363&no=4 （↑回答ページです。締切は2008年05月30日） ニックネームも一緒に書いて頂けると嬉しいです。 コメントは200文字まで入力できます。 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ご回答よろしくお願いします！ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ┏ ２ Tonight 〜 ワトソンのDNA。4ヶ月で調べちゃった。 ┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┛ 最新の技術を用いることにより、すばやくヒトの全ゲノム (全DNA配列)を調べることができ、その成果が論文で発表されました。 今夜はそのニュース記事についてです。 James Watson's genome sequenced at high speed ジェームス・ワトソンのゲノムを高速で調べちゃった （Published online 16 April 2008 | Nature ） ◇一人で１億5千万円 ワトソン博士はクリック博士と一緒にDNAをX線解析して、 1953年にその構造を明らかにしましたが、今度はそのワトソン博士の DNA配列を明らかにしよう！という、ちょっと粋なものです。 ワトソン博士の60億のDNAの配列を調べるのにかかった時間は、 4ヶ月。費用は150万ドル（約1億5千万円）でした。 えー！１億円？と思うかもしれませんが、初めてヒトのゲノムを 解析したヒトゲノムプロジェクトでは、2800人以上の研究者が、 27億ドル（約2700億円）の費用で、13年かけて調べました。 しかも、これだけでたった一人のヒトのゲノムです。 （ゲノム・・・DNAの配列のことです） これだと、1兆円用意しても3人と半分しか調べられません。 それと比較すると、今回の試みは大きな技術の進歩です。ただ、 将来的には遺伝子を調べることによって、どのような病気になりやすいか などを気軽に調べられるようになるのが目標です。そう考えると、 1億円という費用はまだまだ高すぎます。 ◇目標は一人あたり10万円 そこで、Xプライズ財団というところが、1000ドル（約10万円）でヒトの 全ゲノムを調べる！という目標を設定しています。ここの財団は 世界で初めて宇宙に到達する民間飛行船に1000万ドル！という懸賞を 過去に実施していて、現在もさまざまな懸賞が設定されています。 （ http://www.xprize.org/ 英語サイト） バイオ分野では、物理学者ホーキング博士など、100人のゲノムを10日以内に、 1人あたり1万ドル以内で解析できたら、賞金1千万ドルという懸賞があります。 これを達成するには、かなり斬新なアイデアと資金面のバックアップが必要です。 筆者も時々、DNAの塩基配列を調べるんですが、普通のラボにある解析装置では 一日でできるのは数千〜数万塩基。費用も数千円といったところ。 もし筆者が自分のゲノムを毎日10万塩基ずつ調べたとしたら、 全部終えるまでに6万日(＝164年)かかります。 技術も同時に進歩してるので、もっといい機械が手に入って時間が短縮 されるでしょうけど。 現時点で、個人のレベルではこの程度なので、同財団の目標がいかに高いか がわかります。 でも、高い目標は、実用化するにはそれくらいじゃないと使い物にならない ということでもあります。そうそう、報告で使われた解析装置は、 454ライフサイエンス社のものが使われてますが、ここの装置は1台の装置を 4時間稼働することによって、2千万個の配列解析が可能なんだそうです。 ざっと、やまのが1000人分です。え？やまのばかりそんなにいらないって？ いやいや、一度集まったところで、ビキニのお姉さんを追いかけてどこかに 散っていきますからご心配なく。ほっほー♪ ◇以前の解析結果の利用で、さらに早く ヒトゲノムプロジェクトではゲノムを500〜1000塩基ごとに切って解析して いました。でも、今回の解析では250塩基ごとに切って解析しました。 そして、解析した後、その配列を編集してつなぎ合わせて一本に戻します。 ところが、配列を短くしてしまうと、よく似た配列の部分で、どのように つなぎ合わせたらいいのかわからなくなります。そこで、報告者らは、 ヒトゲノムプロジェクトでわかった配列を参考にして、配列をつなぎ 合わせる作業をしたそうです。 つまり、短期間で解析ができたのは、以前の研究の成果があってこそ だったのです。この報告にある研究をステップにして、次はどんな アイデアが生まれるのでしょうか。 まとめ ・ワトソン博士のゲノムを4ヶ月、1億5千万円で解析した ・xプライズ財団がゲノム解析に賞金をかけている ・最新の解析装置はやまの1000人分 ちなみに ワトソン博士には、彼のゲノムの中で、報告でわかっている病気に 関する20個の変異についての説明をしたそうです。でもたかだか20個。 現時点では、どこがどの働きを持っているかということがまだわかって いないので、ゲノムの情報は単なる“文字のられつ”という面も否めません。 454ライフサイエンス社の研究・開発分野のEgholm副社長は 「本は目の前に開かれている。でも、まだ読み方がわからないんだよ。」 とコメントしています。ゲノム解析によりデータが蓄積していけば、 本を読む研究もさらにスピードアップすることでしょう。 今夜もここまで読んで頂きましてありがとうございました。 ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ┏ ３ 近況報告 ┗━━━━━━━━┛ 今年はやたらと結婚式に出席する機会が多いのですが。 特に困るのは、 ご祝儀袋に名前を書く ことです。中学生くらいまで習字を習っていて、太筆書きは そこそこ得意で、二段か三段かそのあたりまでもらえました。 ところが、細筆になるとめっきりで。太筆でドガッていい感じ に仕上がっても、横に細筆で書いた名前がこれまたいい感じで 折角の作品をちゃぶ台返ししてくれます。 式の前日に、筆ペンを握りながら、 「これ失敗したら、袋代○○○円がパーになるぅ。」 という変なプレッシャーまで抱きつつ、準備する筆者。 ロ○トなんかで、代筆サービスがあったら絶対利用するのに。 今月も式が。喜ばしいんですが。また準備。トホホ。 感想などは yamano@heppoko-bio.net までおよせください。 ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ 英語は聞き流しているだけでは、話せるようになりません。 ましてや、近道なんてありません。 英語のエキスパートが語る、学習プラン。 これに興味がある方は、無料のメールセミナーへどうぞ。 http://www.1mgkk.com/m/401144/rc003994.html == == == == == == == == == == == == == == == == == == == 現在の発行部数 11264部です。まぐまぐ2558部 メルマ3402部 メル天 878部 めろんぱん1208部 E-Magazine3218部 このメルマガは、バイオラボのことを伝えてみようと発行して から（2005年秋創刊）、どうしたら多くのヒトにバイオラボ のこと、研究のことを伝えられるかを考えてきました。 できるだけ多くのヒトに読んでほしいと思いますので 本誌をお知り合いの方に紹介していただけますと嬉しいです。 ＜やまのあべばのプロフィール＞ とにかく生きて動いてるものに反応する子どもだった。 虫かごをダンゴ虫やセミで山盛りにするのは日常茶飯事。 学部では不真面目に化学を専攻。大学院よりバイオ系に進む。 現在は部屋をビキニのお姉さんで一杯にしたいと願いながら 博士課程に在学中。運動と日光が不足気味の今日この頃。 ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ^^ ご感想などなんでもどうぞ⇒ yamano@heppoko-bio.net 筆者のブログ http://abeba.blog73.fc2.com メルマガ相互紹介のお問い合わせも上記メルアドまでどうぞ。 部数は問いませんのでお気軽に。 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